以后所有的事情都会发生变化。这个解释虽然很合理，但也让不少人失望。因为不少人的时空旅行动机就是想回到过去，修正某个历史事件，这点倒是很类似后世的所谓穿越。但是祖父悖论和平行宇宙理论已经很残忍地说明了，这样的事情不可能发生。实际上除了平行宇宙理论之外，还有一个比较冷门的解释名为“诺维科夫自洽性原则”，他们认为如果时空旅行者回到过去妄图改变历史的话，那么必然导致两个结果中的一个，一是这件事无论如何都无法发生，即在时空旅行者想改变历史事件的时候必然有许多其他事件来阻止他；二是他改变这件事之后，历史会推演出更多的事情来修正这件事，导致历史必然发展下去。简单来说，历史就是一件命中注定的事情，时空旅行者是无法改变最终结果的。而《十二猴子》引用的原理就是“诺维科夫自洽性原则”，在电影中若有若无地宣扬了“宿命论”。

2035年的地球，人类在遭遇了一场可怕的瘟疫之后，只有1的人类在地底下苟延残喘。为了阻止当年那场瘟疫的发生，囚犯詹姆斯在非自愿的情况下被强迫送到原来的时空里去拯救人类。但是第一次的时空旅行并不顺利，詹姆斯没有来到瘟疫爆发的1996年，而是被送到了1990年。由于詹姆斯在不情愿的情况下来到这个世界，于是就大肆宣传未来世界的一些事情，不出意外的，他被送进了疯人院。在疯人院里，詹姆斯结识了病毒学家的儿子杰弗里。杰弗里事实上也不是个疯子，只是由于他的思想过于激进而被送进了疯人院。出乎人意料的是，杰弗里和詹姆斯成了好友，杰弗里不仅相信詹姆斯所有的话，更是想办法帮助詹姆斯逃出了疯人院。随后，詹姆斯被未来的科学家接了回去。第二次的时空旅行则比第一次要靠谱许多，詹姆斯终于来到了病毒爆发前的费城。根据詹姆斯的调查，他发现一个很重要的问题，他的好友杰弗里仿佛就是病毒事件的元凶。因为杰弗里是一个极端动物保护主义者，因此他对用动物做实验的父亲非常痛恨，因此他计划绑架自己的父亲并释放所有的动物，而詹姆斯则怀疑这些动物就是导致瘟疫大爆发的元凶。可是随着调查的深入，詹姆斯不得不承认一个事实，如果不是自己来到这个时空，那么瘟疫的爆发反而有可能不发生。正是由于自己的阻止，导致整个历史都错乱了，而历史为了修正发展而导致了瘟疫的出现。